Cuando la tripulación del Enterprise es llamada a casa, descubren que una imparable fuerza de terror dentro de la federación ha detonado a la flota y a todo lo que ésta representa, dejando a nuestro mundo en un estado de crisis. Con una cuenta personal que saldar, el Capitán Kirk dirigirá una cacería humana en un mundo en guerra, para capturar a un hombre que es en realidad un arma de destrucción masiva.